Di Karimunjawa terdapat 15 Sekolah Dasar Negeri, 2 SMP Negeri, 1 MTs, 1 SMK Negeri dan 1 Aliyah,
Walaupun sekolag dasar jumlahnya uadah banyak tetapi kenyataannya jumlah muridnya hanya sedikit, bahkan ada SD yang kadang-kadang tidak meluluskan muridnya karena memang kelas enamnya tidak ada muridnya atau kadang muridnya hanya lima. Hal tersebut mungkin disebabkan oleh jumlah penduduknya sedikit.
Di SMP atau SMK sendiri tiap tahunnya hanya menerima 2 robongan belajar walau berdirinya udah cukup lama/
